연구소장 : 이재욱 교수
부장 : 최지훈 교수
간사 : 김태환 교수
운영위원회: 항공전자연구소 소속 교수 27명
연구소장 : 연구소 운영 총괄 책임
부장 : 각 연구부의 활동을 주관하고 연구지원팀과 협의
간사 : 연구소 재무 회계 관리
운영위원회 : 연구소 운영관리 및 인사를 포함한 주요사항을 심의 결정
연구지원팀 : 연구소 업무 행정 지원
기술자문단 : 각 연구부 활동을 위한 기술 지원
항공전자 연구부 : 항공전자와 관련된 전반적인 시스템, 통신, 항행, 레이다 등 항공 및 위성 관련 탑재체 및 지상체 기술분야 연구 주관
전파기술 연구부 : 마이크로파 및 안테나, RF설계 분야, 광에너지 및 광자 분야 연구 주관
기반기술 연구부 : 항공 및 위성 관련 반도체, 디스플레이, 회로설계, 빅데이터 및 모바일 컴퓨팅, 멀티미디어 및 통신신호처리 등 핵심 기반기술 연구 주관